Ao longo de sua história, a escola recebeu diversas denominações: Deutsche Schule (1883–1910); Deutsch-Evangelisches Internat (1910–1917); Escola Particular de Theodor Kölle (1917–1918); Escola Evangélica de Rio Claro (1918–1938); Instituto Kölle (1939–1945); Ginásio Koelle (1945–1985); Colégio Koelle – Educação Infantil – 1º e 2º Graus (1985–1998); Colégio Koelle (1998 aos dias atuais).
Durante várias décadas (de 1910 a 1989), o Colégio abrigou jovens procedentes de várias localidades que residiam na escola, no sistema de internato. Eles buscavam uma educação de alto nível, inexistente nas suas cidades, e a experiência de amadurecimento de morar longe dos pais, que era muito valorizada naquela época.
Na década de 1950, o Koelle ocupou as manchetes dos jornais pelas vitórias alcançadas por seus alunos na natação, cuja prática era bastante incentivada pelo poder público.
Atualmente, a escola conta com membros da quarta geração da família Koelle, que exercem funções na gestão da escola. Na área pedagógica, um importante time de coordenadores, que atua nos diversos níveis de ensino – Educação Infantil, Ensino Fundamental (Anos Iniciais e Finais) e Ensino Médio – trabalha em sintonia com pais, alunos, direção e funcionários.
Para garantir propósitos alinhados, a equipe de coordenadores e a direção têm encontros semanais, em que os diversos aspectos do trabalho escolar são discutidos e avaliados. Essa estrutura de trabalho proporciona um processo educativo completo, contínuo, integrado e em constante formação e transformação.